По мнению Павла Арсеньева, версия о стремлении президента РФ реанимировать КГБ СССР не объясняет прагматическую причину инициированной Путиным реорганизации спецслужб. Для президента важно не столько воссоздание силового суперведомства, сколько контроль над системой подсчета голосов избирателей – ГАС «Выборы» - в преддверии парламентской кампании 2003 и президентской – 2004 годов. Как известно, до 11 марта ГАС «Выборы» находились в ведении ФАПСИ. В этой закрытой системе у Путина не было человека, на которого хозяин Кремля мог бы стопроцентно положиться. Оставлять же ГАС «Выборы» в руках не до конца надежных людей Путин не мог. Именно этим – и в первую очередь этим – объясняется ликвидация ФАПСИ и передача его базовых функций Федеральной службе безопасности, которой руководят ближайшие личные друзья главы государства.
Как заявил Арсеньев в интервью АПН, ФАПСИ оставалось единственной спецслужбой, где руководство не менялось с ельцинских времен. При этом назначенца «со стороны» коллектив ФАПСИ просто мог не принять. Поэтому ликвидировать ведомство для Путина оказалось проще, чем сменить его руководящий состав.