Отдел республик «НГ» был наиболее профессиональной журналистской структурой в Москве, которая освещала общественно-политическую ситуацию в странах СНГ. Помимо двенадцати штатных сотрудников отдела, тридцать журналистов работали в Украине (шесть корреспондентов), Белоруссии (три), Молдавии (два), Азербайджане (два), Армении (два), Грузии (два), Таджикистане (три), Узбекистане (три), Киргизии (три), Казахстане (четыре). По мнению многих российских экспертов, «Независимая газета» всегда наиболее компетентно и аргументировано отстаивала интересы РФ в странах Содружества.
Официальной причиной увольнения журналистов стало сокращение штата. Однако, по информации источника АПН, журналистов лишили работы совсем по другим причинам. Одному из основных российских инвесторов газеты, грузину по национальности, который сегодня скрывается в Грузии от российских правоохранительных органов, не понравились публикации в «Независимой газете», критикующие президента Эдуарда Шеварднадзе. Инвестор настоял на увольнении Алана Касаева. Уволенный зам. главного редактора не мог согласиться с тем, что с приходом нового руководства газеты - главного редактора Татьяны Кошкаревой и генерального директора Рустама Нарзикулова, - финансовый менеджмент газеты начал требовать от политического руководства и представителей деловых кругов стран СНГ «черного нала» взамен на лояльность газеты. Все интервью с первыми лицами государств Содружества, как, по информации источника АПН, считают Татьяна Кошарева и Рустам Нарзикулов, должны публиковаться на правах рекламы. Так, интервью с президентом одной из среднеазиатских республик «потянуло» на шестнадцать тысяч долларов. Отказ вступить в подобные отношения и послужил главным мотивом разгона журналистов отдела республик.
Все увольнения журналистов и заместителя главного редактора Алана Касаева, как отмечает их адвокат, «прошли с нарушением КЗОТа». Как стало известно АПН, что в ближайшее время будут уволены еще три заместителя главного редактора «НГ», и все журналисты, работающие в регионах РФ, отделе политики и экономики. В редакции Татьяну Кошкареву и Рустама Нарзикулова считают «временщиками», которые призваны Борисом Березовским и «грузинским инвестором» для того, чтобы развалить некогда авторитетную российскую газету, которую читали в Европе и во всем мире.